Em 2003 foi firmado convênio entre o Instituto Estadual de Florestas (IEF) e a Universidade Federal de Lavras (UFLA), com a interveniência da Fundação de Apoio ao Ensino Pesquisa e Extensão (FAEPE). Nessa fase iniciou-se o Mapeamento da Flora Nativa e dos Reflorestamentos do Estado de Minas Gerais. Em 2005 foram viabilizados recursos, através da Compensação Florestal do Projeto Hidroelétrico Irapé e do Programa Luz para Todos, ambos executados em Minas Gerais pela Companhia Energética de Minas Gerais (Cemig). Esses tiveram o objetivo de viabilizar o Inventário Florestal da vegetação nativa e uma abordagem sobre os reflorestamentos, e também dar continuidade ao monitoramento da Flora Nativa e dos Reflorestamentos em Minas Gerais.

Portanto, a conclusão dessa fase gerou como produtos três mapeamentos da Flora Nativa e dos Reflorestamentos do Estado de Minas Gerais (2003, 2005 e 2007) e o Inventário Florestal da Flora Nativa e dos Reflorestamentos do Estado (2008). Essa etapa, junto à UFLA, deu-se com a interveniência da Fundação de Desenvolvimento Científico e Cultural (FUNDECC).

A camada, portanto, representa os resultados dos mapeamentos de flora nativa e reflorestamentos executados em 2003, 2005 e 2007, bem como os trabalhos de inventariação da cobertura vegetal, concluídos em 2008. Os produtos tem como base escalar a utilização de imagens provenientes do satélite Landsat-5, refinadas e analisadas sob aspectos fitofisionômicos por meio de etapas de mapeamento in loco, determinados em pontos amostrais. Os dados são compatíveis com a escala 1:60.000. O detalhamento completo do mapeamento pode ser consultado por meio do link: http://www.ief.mg.gov.br/florestas/inventario-florestal-mg