O mapeamento apresenta os grandes Domínios/Subdomínios Hidrogeológicos em que foi dividido o território nacional, com suas potencialidades e limitações no que se refere a ocorrência de água subterrânea. As unidades geológicas do país foram reunidas em sete grandes domínios hidrogeológicos:

Formações Cenozóicas: aqüíferos cujas rochas têm idades de formação recentes e recobrem outras mais antigas;

Bacias Sedimentares: as rochas desse domínio estão associadas a movimentos tectônicos com presença, ou não, de vulcanismo. As estruturas cujas rochas estão assentadas favorecem o acúmulo de água e associadas a grandes profundidades, formam grandes reservatórios;

Poroso/Fissural: é um domínio que envolve rochas metassedimentares que além de estarem compactadas possuem fraturas, o que lhes conferem baixa porosidade primária e alta densidade fissural;

Metassedimentos/Metavulcânicas: nesse domínio as rochas já quase não apresentam porosidade primária, onde a circulação e armazenamento de água estão relacionados às fraturas e falhas;

Vulcânicas: nesse domínio a água, além de circular por falhas e fraturas, está presente em estruturas de foliação e acamamento;

Cristalino: relacionado a falhas e fendas cujas acumulações de água se dão em reservatórios pequenos e descontínuos. Águas salinizadas são comuns em reservatórios cristalinos por causa da baixa circulação das águas;

Carbonatos/Metacarbonatos: reservatórios desenvolvidos em rochas calcárias onde o processo de dissolução é responsável pelo armazenamento e circulação das águas, através de falhas, fraturas, cavernas e sumidouros.